제주 감귤의 역사는 많은 역사서에 기록되어 있는데 고려사에 의하면 백제 문무왕 2년(서기476년) 4월 ‘탐라에서 방물을 헌상’, 고려 태조 천수 8년 (서기 925년) 겨울 11월에 ‘탐라에서 방물을 바치다’를 시작으로 ‘방물을 바쳤다’ ‘토물을 바쳤다’라는 기록이 있는데 여기에 감귤이 포함되었을 것으로 추측된다. 또한 고려사 세가 권7의 기록에 의하면 문종 6년(1052년) 3월에 ‘탐라에서 세공하는 귤자의 수량을 일백포로 개정 결정한다’ 라고 되어 있는 것으로 보아 그 이전부터 제주도의 감귤이 세공으로 바쳐졌음을 알 수 있다.
감귤에 대해 조선시대에는 태조원년(1392년)부터 제주도 귤유의 공물에 대한 기록이 계속되고 있으며, 세종 8년(1426년)에는 호조의 게시로 전라도와 경상도 남해안에도 유자와 감자를 각 관서에 심게 하였다고 한다.
세조실록 2권에는 ‘감귤은 종묘에 제사지내고 빈객을 접대함으로써 그 쓰임이 매우 중요하다’라는 기록이 있으며, 감귤의 종류간의 우열(금귤, 유감, 동정귤이 상이고 감자와 청귤이 다음이고 유자와 산귤(진귤)이 또 그 다음 이라고 기록되어 있다. 이렇게 감귤은 약용으로, 생과용으로 그리고 제사용으로 매우 중요시 되어 역대 왕실에서는 그 수요를 충당하기 위해 과실세를 제정하는 동시에 관영 과원의 제도를 마련하였다고 태조실록 ‘도감상서’에 기록되어 있다.
효종 4년 1653년 탐라지 과원총설에 따르면 제주 3읍의 관과원은 36개소, 12종, 3,600여주였으며 이때 공납과 진상을 위한 총 물량은 생과 8종류 86,053 개여와 약재가 116근 10량이었으나 관과원의 소산만으로는 수량을 채우기 어렵고 해난사고 등으로 수송에 애로가 있어 1704년 이형상 제주목사 당시에는 관과원을 42개소로 증가하였다. 이 당시의 감귤 재배는 관리들의 강요에 의한 것이 대부분으로 공납량의 연차적인 증가와 지방관리들의 횡포까지 가중되어 민폐가 많았던 관계로 이조 말기에는 점차 재배가 감소되었으며, 고종 31년(1893년)에는 진상제도가 없어졌다. 재래종을 제외한 제주에서의 감귤 재배는 1911년 프랑스 출신 엄탁가(Esmile J. Taque) 신부가 일본에서 온주밀감 15그루를 들여와 심은 것이 현재 제주에서 널리 재배되고 있는 온주밀감의 효시이다. 이후 1950년 이후 대학나무로 불릴 정도로 제주도에서는 가장 소득이 높은 작물이 되었으며, 이때부터 감귤 재배 면적이 늘어나기 시작하였고 1960년대부터는 재배 농가가 늘어나면서 1964년 농어민 소득증대 특별사업인 정부지원 사업으로 급속히 성장되어 현재 제1의 농업소득 작물로 자리하고 있다.